はい、設定可能です。
tx_avs_* or rx_avs_* ポートから、IP 内部のレジスタにアクセスします。
下記リンク先にレジスタ情報がありますので、この中の lane_ctrl_* (* はLane数) を確認してください。
該当アドレスの bit0 で Polarity の Enable/Disable を制御可能です。
例）
TX Lane 0
=> 0x04 : lane_ctrl_0
TX 側の Register 情報
https://www.intel.com/content/www/us/en/programmable/support/literature/ug/altera_jesd204_tx_regmap.html
RX 側の Register 情報
https://www.intel.com/content/www/us/en/programmable/support/literature/ug/altera_jesd204_rx_regmap.html
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