Validate System Integrity を実行した際のワーニングは、.ip ファイルに保存されているデフォルトのインターフェース情報との差分によるものです。
Reload.. を実行すると、.ip ファイルに保存されているデフォルトのインターフェース情報をもとに設定が戻ってしまいます。
System Message タブや Validate System Integrity 実行時にエラーが出ていなければ、問題ありませんので Reload.. を実行する必要はありません。
<ワーニング・メッセージ例>
Component Instantiation Warning: pd_system: test_component_0 declares interface q which is missing in file pd_system_00_test_component_0.ip
--------------------
カテゴリ:Quartus® Prime (Platform Designer)
ツール:Quartus® Prime
デバイス:-