一度 wave ウィンドウに追加した信号は削除（Delete）しても、シミュレーションが終了（End Simulation）するまでログ（wlf）として保存され続けます。
そのため動作が遅くなっていることが考えられます。
nolog コマンドを使って、ログから対象信号を削除することによって改善されます。
例）ログから削除するコマンド
VSIM> nolog -r /example_sim/test_node
例）ログに復帰させるコマンド
VSIM> nolog -reset
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カテゴリ：シミュレーション
ツール：ModelSim®-Altera® FPGA Edition
デバイス：-