v18.1 時点での "Minimum Pulse Width" の違反は無視することが可能です。
将来の Tool Version では修正されますので、それまでお待ちください。
(参考)Why is a minimum pulse width timing violation information message reported during the compilation of the Intel® Stratix® 10 Hard IP for PCI Express* IP Core version 18.1?
https://community.altera.com/kb/knowledge-base/why-is-a-minimum-pulse-width-timing-violation-information-message-reported-durin/345391
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カテゴリ:PCI-Express
ツール:Quartus® Prime
デバイス:Stratix® 10