Cyclone® V の Custom PHY について、独自の IP を接続して使用する場合、COM/SKP 等の制御 Code はユーザー側で制御して入力する必要がありますか？

はい。オリジナルの IP を使用するのであれば、制御用のコードについてはユーザ側で挿入します。
例えば、PCI-Express (PCIe) や Ethernet 等、IP を使用する場合には、IP 側で制御を実施します。

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カテゴリ：トランシーバ
ツール：Quartus^® Prime
デバイス：Cyclone^® V