Cyclone® V SoC で DeviceTree Generator に引き渡す .xml ファイル (hps_common_board_info.xml など) は自動生成されますか？

いいえ、xml ファイルは自動生成されません。
こちらは SoC EDS のインストール時に example フォルダーに用意されるリファレンス・デザイン内にサンプルとして格納されます。

（例）
C:\intelFPGA\18.1\embedded\examples\hardware\cv_soc_devkit_ghrd\hps_common_board_info.xml
C:\intelFPGA\18.1\embedded\examples\hardware\cv_soc_devkit_ghrd\soc_system_board_info.xml