PDN Tool の Dynamic Current Change の項目に 50% と表示されますが、 基準となるのは供給電源（VRM）とユーザー回路の最大電流値のどちらですか？

供給電源についてではなく、ユーザー回路の最大電流値の 50% という意味です。
例えば EPE (Early Power Estimator) で見積もって 2A (Total Current)であれば、1A 流れた時ということになります。

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