Cyclone® V を使用して Transceiver Block を使用します。Refclk は外部から PLL を使用して所望の周波数を生成して入力するケースと、ピンから直接所望の周波数を入力して Refclk とするケースと、どちらが性能が良いですか？

Transceiver で使用する PLL については、ピンから直接 Refclk を入力するのが一番性能が良いです。
下記のハンドブック内の記載をご確認ください。

Cyclone V Device Handbook Volume 2: Transceivers
（Input Reference Clocking の項目を参照）

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カテゴリ：トランシーバー
ツール：-
デバイス：Cyclone® V