周囲温度によって、イニシャライズ時間（CONF_DONE が high から INIT_DONE が high）が数十 ms 以上かかってしまいます。温度によってこれほど長くなるのでしょうか？

温度によってそれほど長くなることはありません。
INIT_DONE ピンは外部プルアップが必要となりますが、プルアップされていなかったり、抵抗が機能しなかった場合にINIT_DONE が High になるまでの時間が長く見えることがあります。

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カテゴリ：プログラミング/コンフィグレーション
ツール：-
デバイス：Cyclone® V