JIC で書き込む場合、Quartus Programmer が使用している "quartus_pgm" コマンドにて、Chain Description File (CDF) をコマンドで指定することで書き込み可能です。
JIC を書き込む際には、Serial Flash Loader (SFL)の SOF ファイルを書き込んでから、JIC ファイルを書き込む必要があります。
SFL の SOF ファイルは、下記のパスにデバイスごとに用意されていますが、Cyclone® 10 LP の場合どれを使用すればよいか明確に公開されていません。
C:\intelFPGA\18.1\quartus\common\devinfo\programmer
そのため、下記のような手順で書き込みを実施してもデバイスが合わず SFL を書き込むことができないため、CDF ファイルを使用した書き込みをご使用する必要があります。
$ quartus_pgm -c 1 -m jtag -o "P;sfl_enhanced_01_02d020dd.sof@1"
$ quartus_pgm -c 1 -m jtag -o "P;sof_only.jic@1"
<手順>
(1) Quartus Programmer で JIC ファイルの書き込みに成功した CDF ファイルを作成
Quartus Programmer > File tab > save as
(2) 下記のコマンドを Nios II command Shell で実行
quartus_pgm -c 1 fpga_top_jic.cdf
注意点：CDF ファイルは JIC ファイルを絶対パスで指定していますので、名前が変わったり階層構成が変わった場合は、CDF ファイルを作り直す必要があります。
quartus_pgm コマンドの詳細は下記のユーザーガイドをご参照ください。
（参考）Quartus II Scripting Reference Manual
https://www.intel.com/content/dam/www/programmable/us/en/pdfs/literature/manual/tclscriptrefmnl.pdf
（JTAG Indirect Configuration で検索してください）
--------------------
カテゴリー：コンフィグレーション/プログラミング
ツール：Quartus® Prime
デバイス：-