PIO Core のレジスターの data（Offset:0）もしくは edgecapture（Offset:3）を読んで確認することができます。
PIO の入力ポートの値を見るなら data、IRQ としてエッジ検出した結果を見るなら edgecapture を参照します。
レジスターマップ等は下記の資料でご確認ください。
Embedded Peripherals IP User Guide
（Register Map for the PIO Core で検索）
Nios® II CPU を使用した割り込みの実装方法については下記の資料をご参照ください。
（参考）Nios® II はじめてガイド - 割り込みの実現
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/articles/intel/95825/
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カテゴリー：Nios® II
ツール：Nios® II EDS
デバイス：-