JTAG ピンにはクランプオードが無いため、絶対最大定格である 4.1V をを超えない対策として 2.5V でプルアップします。
基本的には 4.1V を超えない範囲でご使用頂ければ問題ありません。
下記の資料もご参照ください。
Cyclone® 10 LP Core Fabric and General Purpose I/Os Handbook
https://docs.altera.com/r/docs/683777/current/cyclone-10-lp-core-fabric-and-general-purpose-i/os-handbook/logic-elements
（6.1.4.3. JTAG Single-Device Configuration の項目）
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カテゴリー：コンフィグレーション・プログラミング
ツール：-
デバイス：Cyclone® 10 LP