Quartus® Prime の設定で weak pull up 抵抗を設定することはが可能ですが、該当ピンの IO Standard を LVDS としている場合は使用することができません。
設定方法については下記資料をご参照ください。
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/articles/ELS1413_Q1510_21__1.pdf
（3. 内部プルアップの設定 <Weak Pull-Up Resistor> の項目）
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カテゴリー：仕様
ツール：Quartus® Prime
デバイス：Cyclone® V