MAX® 10 で JTAG が認識しません。EQFP パッケージで裏面の Exposed Pad を GND につなげていないのですが関係ありますか？

はい、EQFP パッケージで裏面の Exposed Pad は GND に接続する必要があります。
GND に接続していない場合は、JTAG でデバイスが認識できなかったり、動作しなかったりします。

関連 FAQ
MAX® 10 の EQFP144 パッケージの裏面にある Exposed Pad には、何か接続が必要ですか？
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/support/faqs/intel/122313/

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カテゴリー：コンフィグレーション/プログラミング
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デバイス：MAX® 10