16550 UART で用意されている、Nios® II HAL API Software を参考にすると必要なレジスター設定を確認できます。
MCR を 0x22 に設定して、下記レジスターを有効にする必要があります。
MCR（5）：Hardware Auto Flow Control Enable ( afce)
MCR（1）：Request to Send (rts)
（参考）ソフトウェアソース
***_BSP > divers > src > altera_16550_uart_init.c > alt_16550_uart_config() 352 行目以下
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カテゴリー：IP（その他）
ツール：Nios® II EDS
デバイス：-