Cyclone® V SoC / Arria® V SoC にて、FPGA2SDRAM(F2S) ポートを利用する FPGA デザインに対して、Hard Processor System (HPS) 側から Linux 起動後に FPGA コンフィグレーションすることは可能ですか？

applycfg ビットを設定する機能はUbootに実装しており、applycfg ビットの設定は SDRAM がアイドル状態である必要があるという制約があるため Linux からの applycfg ビットの設定は未サポートです。

FogBugz #158537: Updating U-Boot FPGA2SDRAM driver
https://github.com/altera-opensource/u-boot-socfpga/commit/75905816ec95b0ccd515700b922628d7aa9036f8

Linux での FPGA コンフィグレーション実施が必要な場合は、一度 Uboot にて FPGA コンフィグレーション及び applycfg ビットの設定を行った後に実施してください。

例として、unzip コマンドを Uboot で実行する方法があります。
Uboot の include/configs/socfpga_common.h に以下を追加して頂きビルドして頂き、
#define CONFIG_CMD_UNZIP
　
Ubootにて以下のコマンドを発行してください。
fatload mmc 0 0x2000000 your_rbf.gz unzip 0x2000000 0x2800000
fpga load 0 0x2800000 $filesize

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カテゴリ：SoC
ツール：SoC EDS
デバイス：Arria® V / Cyclone® V