複数の EMIF に対して、それぞれ EMIF Toolkit を接続しようとしましたがエラーとなってしまします。

Toolkit で複数の EMIF の状態を確認したい場合は 
1個目の EMIF に対しては" Enable Daisy-Chaining for EMIF Debug Toolkit/On-Chip Debug Port "の設定がチェックされている必要があります。
そして 2個目以降の EMIF に関しては、EMIF Debug Toolkit/On-Chip Debug Port を Export にします。

（参考）External Memory Interfaces Arria 10 FPGA IP User Guide
14.7.1.4.1. Daisy-Chaining Additional EMIF IP Cores for Debugging • External Memory Interfaces Arria 10 FPGA IP User Guide

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カテゴリ：外部メモリ・インタフェース
ツール：Quartus® Prime
デバイス：Arria® 10