（補足）Quartus® Prime Standard Edition v17.1 Update1 を使用しています。
下記の Knowledge Database (KDB) に該当する可能性があります。
Why can't I access PCIe registers after generating Quartus Prime 16.1 PCIe CvP?
上記の通り RTL を編集するか、Quartus Prime v18.1 以降をご利用ください。
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カテゴリ：プログラミング / コンフィギュレーション
ツール：Quartus® Prime
デバイス：Arria® 10