quartus.ini ファイルを複数指定したいのですが $HOME/quaruts.ini と /quartus/bin/quartus.ini の両方を用いる方法はありますか？

quartus.ini は1つしか読み込まれないため、複数使用することはできません。

優先順位は以下の通りです。
(1) Quartus Project フォルダ の quartus.ini
(2) $HOME の quartus.ini
(3) Quartus Install フォルダ /bin64 or /linux64の quartus.ini

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