Cyclone® V で PCI-Express (PCIe) Endpoint を使用しています。 Endpoint 側から再 Link Training を実施したいのですが、IP に対してどの様な Reset をかければ良いですか？

Endpoint 側の pin_perst を実行してください。
なお、pin_perst による Reset を実行すると Configuration Register の情報なども初期化されますので、
再度 HOST 側から Configuration Transaction を実行する必要があります。

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カテゴリ：PCI-Express
ツール：-
デバイス：Cyclone® V