Arria® 10 デバイスでは起動時に Power-Up Calibration が実施されますが、CLKUSR 及び各 Transceiver に供給される Reference Clock (Refclk) が安定して供給されている必要があります。
（参考）Arria® 10 Transceiver PHY User Guide
https://docs.altera.com/r/docs/683617/21.1/arria-10-transceiver-phy-user-guide/calibration?tocId=5nBovPLWZ~WVDBBsbc266Q
（7. Calibration の項目を参照）
抜粋
Arria 10 devices use CLKUSR for transceiver calibration. To successfully complete the
calibration process, the CLKUSR clock must be stable and free running at the start of
FPGA configuration. Also, all reference clocks driving transceiver PLLs (ATX PLL, fPLL,
CDR/CMU PLL) must be stable and free running at start of FPGA configuration.
この内容が守られていない場合、Transceiver の Calibration が実行されない、PCIe の Linkup が正常に実施出来ない、等の現象が発生します。
PCie に関連する内容としては、以下の Knowledge Database (KDB) もご参考ください。
Why might Arria 10 Transceiver calibration fail?
https://community.altera.com/kb/knowledge-base/why-might-intel%C2%AE-arria%C2%AE-10-transceiver-calibration-fail/344385
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カテゴリ：PCI-Express
ツール：-
デバイス：Arria® 10