Cyclone® V デバイスの nCONFIG を Low、nCE を High にすることでコンフィグレーション ROM の制御が可能となります。
https://docs.altera.com/r/dvxWxDO1_JfCNh~DgmxAcw/UZS1FhGDch~hZGHsCJUpCQ
（Controlling EPCS and EPCQ Devices で検索してください）
（抜粋）
Note: If you wish to gain control of the EPCS pins, hold the nCONFIG pin low and pull the nCE pin high.
This causes the device to reset and tri-state the AS configuration pins.
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カテゴリ：プログラミング・コンフィグレーション
ツール：-
デバイス：Cyclone® V