内部の PLL が Lock しない原因として ref_clk が正常に入っているとした場合、電源以外に何か考えられるものはありますか？

PLL が Lock しない理由は「入力クロック」「リセット」「電源」の 3 点にほぼ集約されます。
特定のボードだけで起きているのであれば、もしこれら3点に異常が認められない場合は PLL 単体が破損しているなども考えられます。

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