DisplayPort IP の non-GPU mode と GPU mode のそれぞれの設定はどのように使い分ければよいですか？

該当設定により、下記ユーザーガイドの Table 180. DPCD Locations に記載されている DisplayPort IP 内部のレジスタへのアクセス可能範囲が変わってきます。
そのため、ご使用予定の機能がどちらのモードで使用可能かを確認してモードを選択してください。

（参考）DisplayPort IP User Guide

（ Sink-Supported DPCD Locations の項目の DPCD Locations リストを参照）

例えば SST (Single Stream) は Non-GPU、MST (Multi Stream) は GPU を使用します。