Quartus® Prime Pro Edition で Tools メニュー > Generate Simulator Setup Script for IP で生成されるシミュレーション・スクリプトには、プロジェクト内のユーザー・デザインファイルも含まれますか？

Generate Simulator Setup Script for IP で生成されるのは、プロジェクトに含まれる IP のシミュレーションに必要なソースファイルやライブラリのスクリプトのみです。
ユーザーのデザインファイルは自動では含まれませんので、生成された msim_setup.tcl に追加する必要があります。

Generate Simulator Setup Script for IP 機能の使用方法と、ユーザーデザインの追加方法は下記の記事をご参照ください。