IO PLL のリコンフィグレーションを実行後、必ず areset をアサートして PLL をリセットしてください。
下記の資料もご参照ください。
(参考)AN 728: I/O PLL Reconfiguration and Dynamic Phase Shift for Intel® Arria® 10 and Intel Cyclone® 10 GX Devices
(Resetting the PLL で検索してください)
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カテゴリー:仕様
ツール:-
デバイス:Arria® 10