BSP / Application のビルドがエラー無く完了している状態でこの現象が起こる場合は、Nios II SBT のプロジェクトを古いバージョンから、作業ディレクトリーをそのまま引き継いでいることが原因として考えられます。
Nios II SBT の作業ディレクトリーを新しく作成し、（.metadata RemoteSystemsTempFiles ファイルが、SBT の作業ディレクトリの情報ファイルなので、作業ディレクトリを新規で指定しなおして新しい .metadata RemoteSystemsTempFiles ファイルを生成）
新しい作業ディレクトリーの中で、SBT Project の新規生成を実施ください。（"Nios II Application and BSP from Template"の実行）
旧バージョンから引き継いでいなかったり、上記を試しても解決しない場合は、インテル® FPGA ダウンロード・ケーブル II（旧 USB Blaster II）の TCK の周波数が原因の場合があります。
ダウンロード・ケーブル II をご使用の場合は、下記を参考に周波数を落としてお試しください。
（参考）USB-Blaster™ II の TCK 周波数を変更してみよう
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/articles/intel/130581/
また、スタックオーバーフローが発生している可能性もございます。
下記コンテンツを参考にデバッグを実施ください。
Nios® II SBT for Eclipse におけるスタック・オーバーフローの検出方法
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カテゴリー：Nios® II
ツール：Nios® II EDS
デバイス：-