外部 CPU からの書き込みを行う場合は .rpd ファイルを生成して使用します。
（参考）Programming File Generator で .pof / .jic / .rpd を作成してみよう
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/articles/intel/134223/
.rpd ファイルはデフォルトでリトルエンディアンで生成されます。
コンフィグレーション ROM への書き込み時には、バイト単位でスワップしビッグエンディアンで実施する必要があります。
書き込みを実施する CPU の仕様にもよりますが、エンディアンについて考慮して生成してください。
（参考）Remote System Update などに Nios® II を使用して Altera Serial Flash Controller からコンフィグレーション・データを ROM に書き込む場合、Byte Swap を行うソフトウェアは用意されていますか？
https://www.macnica.co.jp/business/semiconductor/support/faqs/intel/128629/
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カテゴリー：コンフィグレーション/プログラミング
ツール：Quartus® Prime
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